Etymologia nazwy "Porcjunkula" wywodzi ją z dwóch źródeł. Pierwszym byłoby określenie "piccola porzione" (mała cząstka) terenu, na którym wznosiła się kapliczka, należąca wówczas do rozległych dóbr ziemskich bendyktynów. Drugi źródłosłów - jak chce pobożna tradycja - to "piccola porzione di pietra" (mała cząstka kamienia) z grobu Matki Bożej, którą czterech pielgrzymów przywiozło z Ziemi Świętej i jako relikwię umieściło w jednej ze ścian kapliczki.

Początki kaplicy sięgają IV w. lecz wiadomo, że przeszła ona na własność benedyktynów już w VI w. Jest to mały budynek na prostokątnym planie z niewielką absydą. Gotyckie sklepienie, podobne do sklepienia kościoła św. Damiana, zbudowane zostało przez samego św. Franciszka. Kiedy bowiem Święty postanowił zamieszkać przy Porcjunkuli, kapliczka nie miała dachu, a tylko prostokątne ściany.

Benedyktyni wydzierżawili ją św. Franciszkowi w zamian za symboliczny koszyk ryb złowionych w strumieniu Tescio, dawany im co roku. Chcieli ofiarować Franciszkowi kapliczkę na własność, ale on, posłuszny zasadzie ubóstwa odmówił przyjęcia daru i prosił, aby zechcieli brać od niego symboliczny czynsz.

Franciszek osiedlił się w Porcjunkuli wraz z innymi braćmi na trzy lata, do roku 1209, kiedy to w związku ze stale zwiększającą się liczbą towarzyszy, przeniósł swoją małą wspólnotę do Rivo Torto.

Św. Franciszek wrócił do Porcjunkuli w 1211 r. i założył tutaj pierwsze miejsce franciszkańskie: nazwał je miejscem a nie klasztorem, jako że w słowie klasztor zawierało się znaczenie posiadania i stabilizacji. Wokół kapliczki, w lesie, wyrosły posplatane z gałęzi i ulepione z gliny szałasy, gdzie bracia spali na workach wypełnionych słomą. Porcjunkula była miejscem zebrań i wspólnej modlitwy.

W kapliczce, w noc po Niedzieli Palmowej z 18 na 19 marca 1212 r. młoda Klara, która uciekła z rodzicielskiego domu, złożyła śluby zakonne, dając w ten sposób początek zakonowi klarysek.
W Porcjunkuli w 1216 r. św. Franciszek otrzymał od Jezusa Chrystusa, który znów przemówił do niego, odpust zupełny dla tych wszystkich, którzy po spowiedzi i przyjęciu Komunii świętej odwiedzą Kapliczkę. Przywilej ten potwierdzony został przez papieża Honoriusza III, który wyznaczył, iż udzielać się go będzie dnia 2 sierpnia każdego roku.

Wokół Porcjunkuli co roku zbierali się bracia podczas kapituły. Słynna stała się, na dowód tego rozrastania się zakonu, kapituła, która odbyła się wiosną 1221 r. a w której brało udział ok. 5 tys. braci reprezentujących wspólnoty zakonne z całej Europy.

Obecna bazylika została wybudowana z woli św. Piusa V w latach 1569-1679, według planów G. G. Alessi, architekta z Perugii. Należy ona do najokazalszych świątyń chrześcijaństwa. W r. 1909 św. Pius X podniósł ją do godności bazyliki patriarchalnej i potwierdził jej tytuł "Głowy i Matki całego Zakonu Braci Mniejszych". Portyk pochodzi z lat 1924-1930 i jest dziełem C. Razzaniego. Szczyt fasady zdobi figura z pozłacanego brązu, wykonana przez G. Colasanti. Rozległy i wysadzony drzewami plac przed bazyliką ma przypominać las, który kiedyś otaczał małą kaplicę Matki Bożej Anielskiej.