Św. Łukasz, relacjonując ostatni pobyt Jezusa w Jerozolimie, pisze: Przez dzień nauczal Jezus w Świątyni, wieczorem zaś wychodzil i noce spędzał na górze zwanej Oliwną (Łk 21,37). Chrystus codziennie, ukończywszy nauczanie, wychodził z miasta, przekraczał potok Cedron i wchodził na zbocze Góry Oliwnej, by szukać gościny u swych przyjaciół w Betanii (Mt 21,17) lub udawał się bliżej, do położonego u stóp góry ogrodu zwanego Getsernani, który zapewne należał do któregoś z Jego uczniów. Św. Łukasz podaje, że po Ostatniej Wieczerzy Jezus przybył tu według zwyczaju (Łk 22,39), a św. Jan pisze, że Judasz, który Go wydal, znal to miejsce, bo Jezus i uczniowie Jego często się tam gromadzili (J 18,2). Możemy sobie wyobrazić ten ogród jako typową wschodnią posiadłość wiejską otoczoną murkiem ułożonym z kamieni, z drzewami oliwnymi i grotą przystosowaną do zanocowania, gdzie znajdowała się też tłocznia, od której cały ogród wziął nazwę Getsemani („tłocznia oliwy”).

Owego pamiętnego wielkoczwartkowego wieczoru Jezus po wejściu do Getsemani pozwolił Apostołom pozostać w grocie: „Usiądźcie tu, Ja tymczasem odejdę tam i będę się modlił”. Wziąwszy ze sobą Piotra i dwóch synów Zebedeusza, począł się smucić i odczuwać lęk. Wtedy rzeki do nich: „Smutna jest moja dusza aż do śmierci; zostańcie tu i czuwajcie ze mną”, i odszedłszy trochę dalej upadł na twarz i modlił się w te słowa: „Ojcze mój, jeśli to możliwe, niech mnie ominie ten kielich; wszakże nie jak Ja chcę, lecz jak Ty”. Potem przyszedł do uczniów i zastał ich śpiących. Rzeki do Piotra: ,,Tak to jednej godziny nie mogliście czuwać ze mną? Czuwajcie i módlcie się, abyście nie ulegli pokusie; duch wprawdzie ochoczy, ale ciało słabe”. Powtórnie odszedł i modlił się: „Ojcze mój, jeśli nie może ominąć mnie ten kielich, lecz muszę go wypić, niech się stanie Twoja wola”. Potem przyszedł i znów zastał ich śpiących, bo oczy ich były senne. Zostawiwszy ich, odszedł znowu i modlił się po raz trzeci, powtarzając te same słowa. Potem wrócił do uczniów i rzeki do nich: „Śpijcie więc i odpoczywajcie; oto nadeszła chwila i Syn Człowieczy będzie wydany w ręce grzeszników. Wstańcie, chodźmy ; oto mój zdrajca się zbliża” (Mt 26,36-46; por. Mk 14,32-42; Łk 22,39-46).

W tym momencie wśród oliwek zajaśniał złowrogi blask pochodni i mistyczną ciszę Getsemani zakłóciły kroki siepaczy, przysłanych przez Sanhedryn. Zaczęła się godzina panowania ciemności (Łk 22,53). Wiemy, co nastąpiło potem: zdradziecki pocałunek Judasza; żołnierze padają na ziemię powaleni słowem Jezusa ; Szymon Piotr wydobywa miecz i odcina ucho słudze arcykapłana; Jezusa związanego prowadzą doliną Cedronu, a uczniowie opuszczają Go i uciekają... (por. Mt 26,47-56; Mk 14,43-52; Łk 22,47-53; J 18,1-12).

Pielgrzymka Egerii, cenna relacja o liturgii jerozolimskiej z końca IV w., podaje, że w nocy z Wielkiego Czwartku na Wielki Piątek duchowieństwo po odprawieniu nabożeństwa w sanktuarium Wniebowstąpienia schodziło procesjonalnie wraz z wielką liczbą wiernych „na to samo miejsce, gdzie Pan modlił się, jak to jest napisane w Ewangelii. Jest tu piękny kościół, do którego wchodzi biskup wraz z ludem. Odmawia się modlitwę i hymn, stosowne do tej okoliczności, i czytany jest urywek Ewangelii. Następnie, przy śpiewie psalmów, wszyscy schodzą wraz z biskupem do Getsemani. Po przybyciu na miejsce odmawia się najpierw modlitwę, potem hymn, następnie zaś czyta się urywek Ewangelii, w którym opowiedziane jest pojmanie Jezusa.

W ogrodzie, którym od roku 1666 opiekują Franciszkanie, rośnie siedem potężnych staruszków - drzew oliwnych, pozostałość gaju oliwnego. Pnie częściowo zmurszałe, zwietrzałe wydają się być martwe, lecz przeczą temu gałęzie pokryte liściami i owocami. Ile mają lat? Botanicy twierdzą że drzewo oliwkowe może żyć wiele setek lat. Z obserwacji wiadomo, że korzenie starego drzewa wypuszczają młode pędy, które z biegiem czasu rozrastają się w drzewa. Czy drzewa rosnące w Ogrodzie Getsemani są tymi samymi, które rosły w czasach Chrystusa?

Historyk żydowski Józef Flawiusz opisując oblężenie Jerozolimy w roku 70 po Chrystusie, twierdzi, że głównodowodzący wojskami rzymskimi Tytus rozkazał wyciąć wszystkie drzewa w promieniu czterech godzin drogi od Jerozolimy. Budulec był potrzebny na cele wojenne. Tytus po zdobyciu i zburzeniu Jerozolimy został cezarem, przyjęty przez ojca Wespazjana do współrządów.

Żołnierze rzymscy są znani z tego że raczej bezwzględnie wykonywali rozkazy, ale wydaje się nieprawdopodobnym, aby wygrzebywali korzenie drzew. Znana jest ciekawa zdolność drzew oliwkowych, które z korzeni wypuszczają ciągle nowe pędy. Dlatego z wielkim prawdopodobieństwem możemy przyjąć, że wiekowe pnie, które możemy oglądać na stokach Góry Oliwnej, są odroślami autentycznych drzew gaju oliwnego z czasów Nowego Testamentu; drzew, które były świadkami Jezusowych słów „Ojcze... nie moja ale Twoja wola niech się stanie” (Łk 22,42).

Na miejscu uświęconym modlitwą i agonią Jezusa wzniesiono w czasach cesarza Teodozjusza (379-395) bazylikę. Położona w dolinie Cedronu poza murami Jerozolimy bazylika padła jako jedna z pierwszych pastwą Persów. Odbudowana, w następnych wiekach popadła w ruinę. Z chwilą przybycia krzyżowców miejscowi chrześcijanie wznieśli tu niewielki kościół, który później powiększono, nadając mu tytuł Najświętszego Zbawiciela.

Kiedy ponownie popadł on w ruinę, nabożeństwa przeniesiono do pobliskiej groty, która w IV w. uchodziła za miejsce pocałunku Judasza i pojmania Chrystusa. Przeniesienie funkcji liturgicznych spowodowało z czasem również przeniesienie wiązanych z miejscami wydarzeń. Grotę zaczęto nazywać Grotą Agonii, natomiast pobliski Ogród Oliwny, pod którym spoczywały ruiny bazyliki, uznano za miejsce zdrady i pojmania.

Wykopaliska archeologiczne, zapoczątkowane przez franciszkanów w roku 1891 i podjęte ponownie w 1909, wydobyły na światło dzienne surowe resztki kościoła Najświętszego Zbawiciela. Ale w roku 1920 przy kopaniu fundamentów pod nowe sanktuarium ukazały się na niższym poziomie o wiele cenniejsze ślady bazyliki Teodozjusza, której oś odchylona była w stosunku do kościoła średniowiecznego o 13° w lewo. Proporcja trzech naw, piękny okaz kapitelu i podstawy kolumny, fragmenty bogatej posadzki mozaikowej, szklane płytki, z których ułożone były mozaiki ścienne, resztki atrium z zachowaną w całości cysterną wskazują, z jaką słusznością Egeria mogła określić ten kościół jako piękny.

Odbudowa sanktuarium powierzona została przez Kustodię Ziemi Świętej A. Barluzziemu. Nowa świątynia, konsekrowana w roku 1924, nie jest rekonstrukcją którejś z poprzednich. Z bazyliki Teodozjusza został zachowany jedynie plan oraz układ mozaikowo-marmurowej posadzki, która reprodukuje ornament posadzki starożytnej. Swobodnie użyte przez architekta elementy konstrukcyjne epoki rzymskiej tworzą z kościoła wnętrze jednolite, rozbite jedynie sześcioma monolitycznymi kolumnami, podtrzymującymi 12 jednakowych kwadratowych sklepień. Nie dają one wrażenia wznoszenia się, ale raczej ugięcia przed Skałą Agonii, która została zachowana w środku prezbiterium. Wnętrze, pozostające zawsze w półcieniu, gdyż fioletowe szyby przytłumiają dopływ światła, usposabia do modlitewnego skupienia. Na zewnątrz bogaty portyk podtrzymuje tympanon z mozaiką, przedstawiającą Chrystusa, który uświęca wszystkie ludzkie cierpienia.

Ściany boczne, przebite oknami o marmurowej konstrukcji, przedzielonymi masywnymi filarami, na których wspierają się tympanony, zlewają się niemal z sękatymi pniami i delikatnym listowiem rosnących wokół tysiącletnich oliwek. Sklepienia pokryte są z wierzchu kopułkami, które, dla lepszego wtopienia się w środowisko, nawiązują do motywów sztuki orientalnej. Mozaiki sklepień o motywach kwiatowych wykonał D'Archiardi, mozaikę tympanonu fasady G. Bargellini, rzeźby z brązu i figury G. Tonnini, ozdoby z kutego żelaza A. Gerardi, witraże C. Picchiarini.

Godna uwagi jest też płaskorzeźba G. Torrettiego, znajdująca się koło drzwi prowadzących do zakrystii. Mozaikę w absydzie głównej przedstawiającą agonię Chrystusa, a ufundowaną przez Węgrów, zaprojektował D'Achiardi, mozaiki dwóch pozostałych absyd (pocałunek Judasza i pojmanie Jezusa) M. Barberis.

Żelazna krata wokół Skały Agonii jest darem australijskim. Również wierni innych narodów przyczynili się swymi darami do budowy bazyliki. Ich wkład upamiętniają godła ich krajów, umieszczone na sklepieniach 12 kopuł (po prawej: USA, Niemcy, Kanada, Belgia, w środku: Anglia, Hiszpania, Francja, Włochy, po lewej: Meksyk, Chile, Brazylia, Argentyna). Ze względu na udział wiernych tylu krajów w ufundowaniu bazyliki w Getsemani jest ona zwana Kościołem Wszystkich Narodów.