Zaraz za wejściem do klasztoru mieści się kaplica żłóbka. Kiedyś była to zwykła grota skalna. W niej to św. Franciszek urządził pierwszy żłóbek w Kościele w noc Bożego Narodzenia 1223 r. Pod mensą ołtarza - skała, na której św. Franciszek położył na sianie figurkę Bożego Dzieciątka, a obok umieścił żywego wołu i osła. Przed żłobem ustawiono prowizoryczny ołtarz, przy którym brat Leon odprawił w pamiętną noc mszę św., Franciszek zaś wygłosił okolicznościowe kazanie do licznie zebranych ludzi z całej okolicy. Nad ołtarzem zachowały się fragmenty fresków z XV w., przedstawiających narodzenie Chrystusa w Betlejem (strona prawa) i żłóbek w Greccio (strona lewa).
Następnie przechodzi się do refektarza. Tu miało miejsce wydarzenie opisane przez Tomasza z Celano:
"Pewnego razu w dzień Wielkanocy zakonnicy w pustelni
Greccio przygotowali stół troskliwiej niż zazwyczaj, przykrywając
go białym obrusem i kładąc na nim szklane naczynia. Ojciec także
wychodzi z celi, aby się posilić, i widzi stół podwyższony znad
ziemi i nakryty z niepotrzebną okazałością. Chociaż stół radośnie
zaprasza i przyciąga, on wcale się nie uśmiecha.
Ukradkiem i pomału cofa się, nakłada sobie na głowę kapelusz jakiegoś biedaka, który wtedy przyszedł, do ręki bierze laskę i wychodzi na zewnątrz. I czeka pod bramą, aż bracia zaczną jeść, gdyż mieli oni zwyczaj nie czekać nań, gdy nie przychodził na ustalony znak.
Ledwo rozpoczęli posiłek, gdy ten biedak zaczął wołać od bramy: "Udzielcie, dla miłości Boga, jałmużny biednemu i choremu pielgrzymowi". "Wejdź tu również i ty, dla miłości Tego, którego wezwałeś" - odpowiadają bracia.
Wchodzi natychmiast i staje przed jedzącymi. W jaki podziw musiał wprawić ów pielgrzym tych wygodnych mieszkańców! Prosi o talerz, siada sam jeden na ziemi i kładzie talerz na popiele. "Teraz wiem, mówi, że siedzę jak brat mniejszy". A zwróciwszy się do braci rzekł: "Przykład ubóstwa Syna Bożego powinien pobudzać do życia ubogiego bardziej nas niż innych zakonników. Widziałem stół przygotowany i pięknie przybrany, więc zrozumiałem, że to nie dla biednych, którzy idą od drzwi do drzwi".
Dormitorium braci. Tak wyglądał pierwszy klasztor franciszkanów w Greccio. Oznaczone na ścianie krzyże być może miały za cel wskazywać miejsce spoczynku dla poszczególnych braci.
W głębi dormitorium cela św. Franciszka, gdzie zwykł był sypiać, siedząc na skale i opierając głowę na kamieniu lub kawałku drewna.
Cofając się do tyłu, wychodzi się schodami na górny poziom klasztoru. Drzwi po prawej stronie prowadzą do kościoła św. Franciszka. Jest to pierwszy kościół poświęcony Biedaczynie z Asyżu, wzniesiony wkrótce po jego kanonizacji.
Z lewej strony ołtarza przechodzi się do małej kapliczki, w której jest umieszczony obraz św. Franciszka. Oddaje on wiernie sylwetkę Świętego, tak jak ją przedstawił Tomasz z Celano. Obraz jest namalowany na płótnie naklejonym na drzewie, dlatego nie może pochodzić z epoki Świętego, gdyż zwyczaj malowania na płótnie przyszedł dopiero później. Można go uważać jednakże za wierną kopię jakiegoś zaginionego fresku lub obrazu, namalowanego za życia św. Franciszka.
Po obejrzeniu obrazu św. Franciszka trzeba wrócić przez kościół, żeby dojść do dormitorium zakonnego, wybudowanego z drzewa za generałatu św. Bonawentury (1257-1274).
Idąc dalej schodami do góry, wychodzi się poza klasztor w kierunku lasu. Z małej alejki, biegnącej zboczem góry, roztacza się piękny widok na Dolinę Reatyńską. Nieco dalej, na miejscu, gdzie św. Franciszek miał samotną celę, stoi maca kaplica.
Nowy kościół przy placu przed sanktuarium, skąd rozpościera się uroczy widok krajobrazu Greccio, pochodzi z 1959 r. i jest poświęcony Matce Bożej Niepokalanie Poczętej.