Również w Fonte Cołombo, pod koniec swego życia, Franciszek poddał się leczeniu. Lekarze usiłowali ratować jego chore oczy, ale bez rezultatu. Pewnego dnia zadecydowano przypalić mu skronie i Franciszek zwrócił się do "brata ognia", aby ten nie sprawiał mu cierpienia.
"Gdy nadeszła stosowna pora na leczenie oczu, błogosławiony Franciszek, chociaż był bardzo chory, opuścił kościół św. Damiana. Na głowie miał wielki kaptur, który uszyli mu bracia, oczy zaś przewiązane opaską lniano-bawełnianą przyszytą do kaptura, z powodu ostrych bólów, jakie sprawiało mu światło dzienne. Jego towarzysze zawieźli go na koniu do pustelni Fonte Colombo, w pobliżu Rieti, aby zasięgnąć rady u lekarza z tego miasta, specjalisty od oczu.
Lekarz ten przyszedł zbadać Błogosławionego i powiedział, że trzeba dokonać kauteryzacji od ucha aż do brwi, aby ulżyć oku najbardziej schorzałemu. Ale Święty nie chciał się poddać zabiegowi przed przybyciem brata Eliasza. Oczekiwano go, ale nie przybywał, zatrzymywany przez wszelkiego rodzaju przeszkody, a Święty wahał się poddać zabiegowi. W końcu zmuszony koniecznością ustąpił, lecz uczynił to przede wszystkim z posłuszeństwa biskupowi Ostii i ministrowi generalnemu. Odczuwał żywą niechęć do zajmowania się sobą, dlatego chciał, by decyzja wyszła od jego ministra generalnego.
Pewnego dnia przybył lekarz, zaopatrzony w kauter służący do przeprowadzania zabiegów przy leczeniu oczu. Rozpalono ogień i umieszczono w nim narzędzie, aby rozpalić je do czerwoności. Błogosławiony Franciszek, chcąc umocnić swego ducha i uspokoić swe serce, powiedział do ognia: "Bracie ogniu, Pan cię stworzył szlachetnym i użytecznym dla wszystkich stworzeń. Bądź dla mnie życzliwy tej godziny, gdyż zawsze cię kochałem i będę się starał nadal to czynić z miłości do Pana, który cię stworzył. Proszę więc naszego wspólnego Stwórcę, aby złagodził twój żar, bym mógł go znieść". Po skończeniu modlitwy uczynił znak krzyża nad ogniem. My, którzy byliśmy przy tym, wszyscy uciekliśmy, ogarnięci wzruszeniem i litością, jedynie lekarz z nim pozostał.
Gdy po operacji powróciliśmy, Franciszek zawołał: "Bojaźliwi! Ludzie małej wiary! Dlaczego uciekliście? Mówię wam, naprawdę nie odczuwałem żadnego bólu, ani nawet żaru ognia. Jeśli nie jest dobrze przypalone, niech lekarz zacznie od nowa, jeszcze dokładniej!"
Lekarz widząc, że podczas zabiegu Święty nawet się nie poruszył uważał, że był to wielki cud. Rzekł więc do braci: "Przecież jest to człowiek chory i słaby, bałbym się uczynić coś podobnego nawet ludziom silnym, mającym zdrowe ciało - z obawy, że tego nie zniosą, jak tego już doświadczyłem w niejednym wypadku".
Przypalenie było bardzo rozległe - od ucha aż do brwi. Od lat ciecz spływała Franciszkowi dniem i nocą na oczy i dlatego trzeba było, zdaniem lekarza, wypalić mu wszystkie żyły od ucha aż do brwi. Inni lekarze natomiast byli odmiennego zdania, uważali, że operacja jest niewskazana, co się potwierdziło, gdyż nie przyniosła żadnej ulgi. Inny lekarz przebił mu uszy, ale też bez spodziewanego rezultatu".
Kompilacja Asyska, 86