Klara żyła po śmierci Franciszka jeszcze 27 lat. Wspólnota sióstr, już wtedy kwitnąca, wzrastała i rozszerzała się w dalszym ciągu. Kościół św. Damiana, położony poza miastem, nie był jednak miejscem bezpiecznym, gdy czasy były niepewne. Przekonano się o tym we wrześniu 1240 r.
"W burzliwych czasach, jakie Kościół przeżywał w różnych krajach za panowania cesarza Fryderyka, Dolina Spoletańska częściej niż inne piła z kielicha gniewu.
Stacjonowały tam najemne wojska na żołdzie cesarskim i bandy łuczników saraceńskich, podobne rojom pszczół, burząc zamki i zdobywając szturmem miasta. Pewnego dnia ich furia skierowała się przeciwko Asyżowi, miastu uprzywilejowanemu przez Pana. Kiedy wojsko zbliżało się już do bram miasta, gromady Saracenów, ludzi bezbożnych, spragnione krwi chrześcijańskiej i gotowe na wszelką zbrodnię, podeszły pod kościół św. Damiana, na teren klasztoru, a nawet wtargnęły już do wirydarza świętych dziewic.
Nieszczęsne zakonnice mdleją z trwogi, ich głosy drżą z przerażenia. Siostry szlochając biegną szukać schronienia u swej matki. Klara nie popada jednak w przerażenie. Chociaż chora, każe się przenieść do furty klasztornej, naprzeciw wroga, mając za jedyną obronę srebrną puszkę w obudowie z kości słoniowej, w której było przechowywane ze czcią Najświętsze Ciało Chrystusa, Ciało Świętego Świętych.
Upadłszy na ziemię w modlitwie przed Panem, z oczyma pełnymi łez, tak zaczęła mówić do Chrystusa: "Czyżby to była Twoja wola, Panie, wydać w ręce pogan bezbronne Twe służebnice, które wykarmiłam z miłości ku Tobie? Strzeż, Panie, te Twoje służebnice, błagam Cię o to, ponieważ w obecnej godzinie ja sama nie jestem zdolna ich uratować". Natychmiast z cyborium, tej nowej arki przymierza łaski, dał się słyszeć głos jakby dziecka, który mówił: "Będę was zawsze strzegł".
Klara zaś błagała dalej: "Panie, jeśli jest takie Twoje upodobanie, ocal również to miasto, które z Twej łaski dostarcza nam środków do życia". Chrystus odpowiedział "Będzie musiało wiele wycierpieć, ale przyjdę mu z pomocą i obroną".
Więc święta dziewica, unosząc twarz zalaną łzami, uspokaja swe płaczące siostry: "Zaprawdę powiadam wam, nie spotka was żadne zło, moje córki, ufajcie tylko Chrystusowi!" W tymże momencie szaleństwo owych rozwścieczonych psów ustępuje. Zdjęci strachem, uciekają z murów jeszcze szybciej, niż na nie wchodzili. Potęga modlitwy Klary spowodowała zamęt w ich szeregach.
W tym momencie Klara stanowczo przykazała siostrom, słyszącym ów głos: "Moje drogie córki, dopóki będę żyła, wystrzegajcie się opowiadania komukolwiek o tym głosie" (Tomasz z Celano, Żywot św. Klary, 21-22).
Każdego roku, 22 czerwca, w dniu święta ślubowania, burmistrz Asyżu i zarząd miasta udają się z procesją do kościoła św. Damiana, aby złożyć tam w ofierze świece na pamiątkę tej cudownej interwencji św. Klary, która uwolniła miasto od Saracenów.