Budowę bazyliki św. Klary rozpoczęto w 1257 r., a konsekrowano ją w roku 1265. Jest ona odtworzeniem górnego kościoła św. Franciszka. Na zewnątrz, trzy łuki przyporowe, dodane z końcem XIV nadają specyficznego wyglądu tej świątyni.
Została ona zbudowana na miejscu dawnego kościoła św. Jerzego, który był usytuowany poza murami miasta. W nim to Franciszek, jako dziecko, uczył się czytać, w nim, po śmierci, spoczywało jego ciało w latach 1226-1230, w nim również papież Grzegorz IX ogłosił Franciszka świętym 16 lipca 1228 r. W tym kościele także zostało złożone ciało św. Klary aż do ukończenia obecnej bazyliki.

W szklanej ścianie, oddzielającej kaplicę Najświętszego Sakramentu, znajduje się krzyż, z którego Franciszek usłyszał glos Boży w kościele św. Damiana w 1205 r. Przed tym krzyżem Święty miał odmawiać następującą modlitwę:

Najwyższy, chwalebny Boże,
rozjaśnij ciemności mego serca
i daj mi, Panie, prawdziwą wiarę,
niezachwianą nadzieję
i doskonałą miłość,
zrozumienie i poznanie,
abym wypełniał
Twoje święte i prawdziwe posłannictwo.
Amen.

--- Poznaj symbolikę tego krzyża ---

Obraz św. Klary przypisuje się słynnemu Cimabue (1283). Wokół postaci Świętej (zaczynając od dołu z lewej strony) osiem scen z jej życia:
1) otrzymuje palmę od biskupa Asyżu,
2) ucieka z domu i przybywa do Porcjunkuli,
3) przyjmuje habit zakonny z rąk św. Franciszka,
4) opiera się rodzinie, która chce ją zmusić do opuszczenia klasztoru,
5) przychodzi z pomocą swej siostrze Agnieszce, która również uciekła z domu, aby iść w jej ślady,
6) dokonuje cudownego rozmnożenia chleba,
7) na łożu śmierci ukazuje się jej Matka Boża,
8) pogrzeb Świętej, któremu przewodniczy papież Innocenty IV.

Klara zmarła 11 sierpnia 1253 r. Dwa lata później papież Innocenty IV dokonał w Anagni jej kanonizacji. W 1260 r. przeniesiono ciało Świętej do nowej bazyliki, wybudowanej pod jej wezwaniem, i pochowano w kamiennym sarkofagu pod głównym ołtarzem. Po odkryciu grobu w 1850 r. ciało św. Klary złożono w kryształowej urnie, w której spoczywa do dziś. Kryptę urządzono w latach 1850-1872. Niewielkich przeróbek dokonano w niej w 1934 r. Pośrodku krypty, nad ołtarzem, można zobaczyć miejsce, gdzie spoczywało ciało Świętej przez sześć wieków.